Van de vier rode bosmiersoorten is de stronkmier een bedreigde soort. Deze soort is zeldzaam, laat een negatieve trend zien en komt zeer lokaal voor. In het enige gebied in Nederland waar ze nu voorkomt, de omgeving van Ommen, is monitoring en aangepast beheer daarom ook aan te raden. De andere drie soorten – behaarde bosmier, kale bosmier en zwartrugbosmier – zijn in Nederland momenteel niet bedreigd. Ze hebben een ruime verspreiding en laten geen duidelijke negatieve trend zien. Lokaal kunnen deze soorten echter wel achteruit gaan en of uit een gebied dreigen te verdwijnen. Er zijn vele bedreigingen waaraan individuele koepelnesten en bosmierpopulaties bloot staan. Het gaat hierbij om beschadigingen van de koepelnesten of allerlei onnatuurlijke invloeden op het leefgebied.
Op de internationale rode lijst van het IUCN staan deze laatste drie soorten wel vermeld onder de categorie ‘lower risk/near threatened’, terwijl de stronkmier niet op deze lijst staat.
Beschadigingen Koepelnesten worden niet zelden vernield door poppenrovers die de nestinhoud zeven om mierenpoppen te verzamelen om aan volièrevogels of vissen te voeren. Soms worden nesten vernield door baldadig gedrag. De nesten zijn ook kwetsbaar voor een te intensief terreinbeheer. Door de werking van grazers en voertuigen om te maaien of hout uit het bos te verwijderen kunnen nesten verloren gaan. Het uitrasteren of markeren van de nesten tijdens werkzaamheden kan hiertegen helpen. Ook als een nest op zich goed beschermd wordt, kan het weghalen van de bomen waarin de bosmieren hun bladluizen melken of die een belangrijke rol spelen in de handhaving van het juiste microklimaat ervoor zorgen dat een koepelnest verdwijnt. Als er boswerkzaamheden uitgevoerd moeten worden, is het dan ook nuttig om de belangrijke bomen in kaart te brengen. Belangrijke voedselbomen zijn vaak inlandse eik, berk en den. Echter, maatwerk blijft noodzakelijk, want de voedselbomen kunnen ook van 'verrassende' soorten zijn (bijv. bepaalde sparsoorten) of variëren tijdens het seizoen (naaldbomen in het vroege voorjaar en herfst en loofbomen hiertussen).
Invloeden op leefgebied In de wat meer natuurlijke, structuurrijke bossen kunnen bosmieren goed overleven. Door invloeden van buitenaf zijn bossen echter soms vrij arm aan natuurwaarden. Door het te dicht op elkaar staan van productiehout (van dezelfde leeftijd) en door het verruigen van bossen en bosranden door mestinvloeden uit de omgeving kunnen eentonige, soortenarme bossen ontstaan. Een beheer dat gericht is op meer variatie – zowel binnen bospercelen, langs bosranden of door het gebruik van bospaden – kan dan van grote betekenis zijn voor bossoorten zoals rode bosmieren. In sommige bossen kunnen dunningen overigens averechts werken en verruigt de vegetatie op de bosbodem zodanig dat er juist minder geschikte omstandigheden voor bosmieren ontstaan. Kennis van het terrein en de ecologie van de soorten zijn dus noodzakelijk om tot meer natuurlijke, soortenrijkere bossen te komen.